RTime: По продвижению сайтов настоятельно рекомендую читать блог "кто на новенького".

Фильтры Яндекса можно разделить на: 

  • Предварительные фильтры (фильтры при регистрации сайта в сеть Яндекс)
  • Постфильтры - соответственно,- после
  • Ручные
  • Автоматические

  Постфильтры.

Фильтр в виде неучета исходящих (либо входящих) ссылок 

За агресивную рекламу или  контент для взрослых- могут ограничить 

АГС-  приводит к исключению из поисковой базы части страниц ресурса 
За попытку накрутки поведенческих факторов

Тексты (например за "переоптимизацию контента")
За ссылки- например, за неумелую работу по набору внешней ссылочной массы
За злоупотребление рекламой, размещенной на страницах ресурса
За попытки накруток (ПФ и т.п.) 
Могут выявить аффилированные сайты, созданые для продвижения с целью занятия большего числа позиций в выдаче 

Ещё критерии ( "по совокупности")

Молодой сайт
Бесплатный хостинг
Использование бесплатного движка (Joomla, WordPress и т.п.)
Низкая посещаемость (меньше 50 в сутки)
Отсутствие ресурса в каталогах типа Яндекса или Дмоза. Попав в оба эти каталога, вы сможете себе гарантировать практически неприкосновенность в отношениях с АГС
Отсутствие или малое количество внешних ссылок, ведущих на этот ресурс
Наличие ссылок с форумов, блогов или досок объявлений без модерации
В WordPress могут быть архивы меток, рубрик, временные архивы и т.п. вещи (дубли)
Перелинковка с большими блоками внутренних ссылок ( например будьте поосторожнее с "облаком тегов")
Наличие агрессивной рекламы типа всплывающих или выезжающих окон